La razón por la cual se optó para el nombre del Instituto la figura del prócer paraguayo Fernando de la Mora, es debido a que fue el único de los próceres que siguió la línea del pensamiento de John Locke, padre del liberalismo político. La visión que el Dr. De La Mora tenía para que el país pueda subsistir como un Estado se sentaba en el establecimiento de las instituciones republicanas.

De la Mora era un asiduo lector de Locke, y constantemente mencionaba a Cicerón, uno de los más grandes pensadores romanos, se le considera el creador de las leyes generales, que implica no otorgar privilegio para nadie ante la ley. Este pensamiento, que persiste en la actualidad, es lo que se denomina «igualdad ante la ley» o «isonomia».

Fue él, en palabras del Dr. Víctor Pavón, asesor del Instituto, quien determinó elementos como libertad, seguridad y la propiedad en la nota del 20 de julio de 1811. Él sostenía que el límite del poder debe ser la Ley, en alusión a la Constitución.

El lema del Dr. Fernando de la Mora era “Independencia y República”, creía que un buen gobierno era aquel que se asienta en las instituciones fuertes, pero que era regido por el principio de la ley y no por el cacique de turno.

El modelo económico de De la Mora era también diametralmente opuesto al de Francia, porque la visión de De la Mora implicaba una apertura hacia los demás países. En este sentido, el oriundo de Tapua pregonaba la libre navegabilidad de los ríos, el derecho internacional de los países a navegar libremente en los ríos que confluían hacia el mar como el Río de la Plata.